Проекты веб-сайтов являются предпочтительным вариантом выбора когда:

Исходные файлы приложения копируются на сервер IIS.
В один веб-проект необходимо включить как код C#, так и код на другом языке .NET.
Необходимо открыть рабочий веб-сайт в Visual Studio или WebMatrix и обновить его в режиме реального времени через протокол FTP.
Если требуется создать отдельную сборку для каждой страницы, папки или пользовательского элемента
Требуется возможность обновления отдельных файлов в рабочей среде путем простого копирования новых версий на рабочий сервер либо путем непосредственного редактирования файлов на рабочем сервере.
Вы хотите сохранить исходный код на рабочем сервере в качестве дополнительной резервной копии.
Использование файлов проектов веб-приложений предоставляет следующее преимущества:

Можно с легкостью временно удалять файлы из сайта и сохранять их отслеживание, поскольку они остаются в структуре папок. Например, если страница не готова для развертывания, можно временно исключить ее из построения, не удаляя из структуры папок.
Скомпилированную сборку можно развернуть, а затем снова добавить файл в проект.
Использование проектов веб-сайтов предоставляет следующие преимущества:

Для управления структурой проекта не требуются специализированные инструменты обработки программного и html кода.
Можно редактировать файлы простейшим текстовым редактором, например Блокнотом, и копировать файлы в проект или удалять их из него с помощью проводника Windows.
К статье прикреплены исходники примеров веб-приложения и веб-сайта. Исходники созданы в MS Visual Studio 2013 Express, MS Visual Studio 2013, могут быть открыты в Visual Studio 2012. Веб-сайт может быть открыт еще и в WebMatrix или использовать для редактирования веб-сайта любой текстовый редактор.